Tris tamponu, biyokimya deneylerinde yaygın olarak kullanılan yaygın bir pH tamponudur. PCR reaksiyonlarında Tris tamponu, pH stabilitesini korumanın yanı sıra DNase aktivitesini de inhibe eder. Etki mekanizması esas olarak aşağıdaki yönlerde kendini gösterir:
1. DNase'nin aktif konformasyonunu değiştirin: Tris tamponundaki katyon, DNase'nin aktif bölgesine bağlanarak konformasyonunu değiştirebilir ve böylece aktivitesini azaltabilir. Bu etki şekli, ortamda bulunan nükleazların aktivitesini engelleyerek DNA şablonunu bozulmadan korur.
2. Rekabetçi inhibisyon: Tris'teki katyonlar, DNase'nin aktif merkeziyle DNA şablonuna rekabetçi bir şekilde bağlanabilir, böylece DNase'nin şablona bağlanmasını önleyebilir ve bozunma aktivitesini azaltabilir. Bu rekabetçi inhibisyon, reaksiyon sistemindeki safsızlıkların neden olduğu DNase aktivitesini azaltabilir.
3. Reaksiyon sıcaklığını artırın: Tris tamponu yüksek sıcaklıklarda iyi bir stabiliteye sahiptir, bu nedenle PCR reaksiyonunun sıcaklığını artırabilir. Yüksek sıcaklık DNase aktivitesini daha da inhibe edebilir ve DNA polimerazının amplifikasyon verimliliğini artırabilir. Yüksek sıcaklıkları Tris tamponuyla birleştirerek DNase etkileri ortadan kaldırılabilir ve daha saf bir PCR ürünü elde edilebilir.
